平佐衛門是一名武士,年輕時於商店街前因細故爭端殺了無理取鬧的黑川孝藏,而成為孤兒的孝助則被叔伯輩收養,成人之後積極拜於武士門下,以期能習得武藝,有朝一日能手刃殺父仇人。因緣際會之下,孝助進入平佐衛門家為僕,忠心耿耿,盡心盡力,平佐衛門感其勤懇,欲授其刀劍之術,卻不料竟是當年刀下亡魂之子,儘管感嘆冤家路窄,卻也為其孝心所感動,而決定仍然傳授武藝給孝助,並且考量該以何種方式實現孝助之願望。
渾然不知殺父仇人正是視己若子的平佐衛門的孝助,對於女主人阿國勾結外人,密謀殺害平佐衛門的計畫憂心忡忡,他決定在離開平佐衛門家之前,先發制人,殺掉阿國與源次郎,以防平佐衛門遭二人暗算而發生不測。詎料,平佐衛門早已解讀其心思,因此假扮成源次郎的模樣,先使孝助在昏暗之中誤傷他,以完成他報殺父之仇的心願;又假意不敵源次郎,使眾人以為是源次郎殺死了他;然後進一步囑咐孝助為其報仇,成其忠孝兩全之美名。
故事的後半段就在阿國與源次郎相偕逃亡,孝助追擊的過程中展開。小姐阿露這條故事支線較不清楚,卻是書名「牡丹燈籠」的由來。阿露因與繼母阿國格格不入,因此另居於柳島別墅,與萩原新三郎情投意合,但因思念過甚而香消玉殞,然而卻在死後化為精魂仍與新三郎相會。新三郎發現真相之後,懼怕不已,透過寺院高僧的協助,得到符咒與護身符,抵拒阿露與阿米的魂魄。但是,新三郎的房客伴藏卻在阿露的威脅利誘之下,見財起意,陷害新三郎,取走了符咒與護身符,終究使新三郎慘死於白骨堆中。作了虧心事的伴藏逃亡至栗橋一帶,竟與亦是逃亡中化名為明姬,淪為酒家女的阿國在酒樓中相遇勾搭。源次郎原本藉此事想勒索伴藏,孰料伴藏亦非善類,揚言揭發兩人行徑,使得阿國與源次郎二人不得不考慮回到宇都宮的阿國老家。
無巧不成書,孝助的母親里枝與黑川離異之後,改嫁五金行老闆,前妻所生一對子女,女兒正是阿國。里枝不忍孝助之忠義無處著落,將阿國與源次郎的藏身之地透露給孝助知情;然而,最終又念與阿國母女因緣一場,事先透露訊息給阿國與源次郎兩人,指點他們逃亡路線;而在孝助趕來之後,在他面前自盡謝罪,並在斷氣之前,重新以生母的身分,將兩人的逃亡路線告訴孝助。
孝助如願以償,得報大仇了嗎?也許不應該透露結局。經歷了這麼多波折與迂迴之後,書末,作者照本宣科似地重申「勸善諫惡」的本義,倒顯得有些虛應故事、聊備一格的味道了。